京东商家自营入驻的费用包括多个方面，如保证金、平台使用费、技术服务费、手续费等，具体费用因商家入驻的商品类目、销售额等因素而有所不同。

保证金是商家在入驻时需要缴纳的一笔费用，用于保证商家在平台上的诚信经营。保证金的金额通常为5-10万元，具体数额根据商家的销售额和产品类目进行计算。

平台使用费是商家在使用京东自营平台时需要支付的费用，但自营模式的店铺京东通常是不收取平台使用费的。不过，不同类目的商家可能会有不同的政策，因此具体情况还要根据京东的具体规定确定。

技术服务费是京东为商家提供技术服务所收取的费用，一般为销售额的1%-5%。手续费则是京东为商家提供支付和物流服务所收取的费用，一般也为销售额的1%-5%。

另外，商家在入驻时可能还需要支付一些其他费用，如入驻费用、店铺装修费用、培训费用等，这些费用根据具体情况而定。

需要注意的是，以上费用仅为参考，并非固定不变。京东自营入驻的具体费用会根据商家的实际情况和京东的政策进行调整。因此，商家在入驻前应该仔细了解京东的相关规定和政策，以便准确计算入驻费用。

至于具体的入驻流程和操作步骤，建议商家直接联系京东平台官方客服或专业顾问进行咨询，以确保入驻的顺利进行。