京东商家入驻和自营合作的主要区别体现在经营主体、商品来源、商品价格、资源支持和运营模式等方面。

1. 经营主体：京东入驻商家是指在京东平台上注册并开店的第三方商家，其经营主体是独立的法人或个体户。而京东自营店铺则是由京东自己运营的店铺，其经营主体是京东公司。

2. 商品来源：京东入驻商家的商品来源多样，可以是自己生产的、代理的、批发的等等。而京东自营店铺的商品来源主要是自己采购或者与品牌商合作生产。

3. 商品价格：由于商品来源的不同，京东入驻商家和自营店铺的商品价格也有所不同。一般来说，京东自营店铺的商品价格相对较高，而京东入驻商家的商品价格相对较低。

4. 资源支持：京东自营店铺会得到京东官方的更多资源支持，如促销活动、推广等，因为自营店铺是京东的主要盈利来源。而入驻商家则需要自己进行店铺维护和推广，其中还有活动申报和资源争取等工作需要公司自己负责。

5. 运营模式：京东自营店铺由京东公司负责店铺的运营和管理，包括商品采购、库存管理、物流配送、售后服务等。而入驻商家则拥有更大的自主经营权，可以自行决定商品的价格、促销策略等，但同时也需要承担更多的运营风险。

总的来说，京东商家入驻和自营合作各有优势，商家可以根据自身的情况和需求选择合适的模式进行合作。对于想要打造自己品牌影响力的商家来说，入驻京东可能是一个不错的选择；而对于已经有一定品牌影响力和实力的商家来说，与京东进行自营合作可能更有优势。