从零开始申请京东自营店入驻的完整指南如下：

**一、准备入驻资料**

1. 公司资质：商家必须拥有一个已经注册的公司，且注册资金通常在200万元以上。个体工商户或个人形式是不被接受的。

2. 营业执照：需要提供三证合一的营业执照，且确保未在企业经营异常名录中，所售商品也在营业执照经营范围内。

3. 法人信息：需要提供法人的身份证正反面复印件。

4. 品牌资质：需要拥有商标注册证，可以是R标或TM标。如果商标是变更的，需提供相关证明。

5. 纳税人资格：商家要具有一般纳税人资格，能够开具13%的增值税专用发票。

**二、申请入驻流程**

1. 注册京东账号：首先，商家需要在京东官网上注册一个账号，填写相关信息并提交审核，确保信息的真实性和准确性。

2. 提交企业资质文件：在申请入驻京东自营店之前，按照要求准备好相关的企业资质文件，并提交给京东进行审核。

3. 签订合同：审核通过后，商家需要与京东签订入驻合同。合同中将明确双方的权利和义务，包括店铺经营、商品销售、售后服务等方面的内容。

4. 完善店铺信息：根据京东的要求，填写店铺的基本信息、上传店铺LOGO等。

5. 上架商品：等待京东审核通过后，商家可以开始上架商品进行销售。

**三、入驻费用**

1. 保证金：商家在入驻京东自营时需要缴纳的一笔费用，用于确保商家遵守京东平台的规则和协议。保证金的金额根据不同的商品类目和品牌影响力会有所不同，一般范围在5-10万元人民币之间。

2. 平台使用费：京东自营平台会对商家收取一定的年度平台使用费，具体金额会根据商家的经营类目、品牌以及合作模式等因素而定。

3. 产品扣点：也称为毛保，一般约为20%左右，具体比例需要和京东的采销人员沟通确定。

请注意，以上指南仅供参考，具体入驻流程和费用可能会因京东的政策变化而有所调整。建议商家在申请入驻前仔细阅读京东的入驻指南和相关政策，以确保信息的准确性。