京东集采店铺保证金的缴纳方式主要有以下几种：

1. 在线缴纳：商家可以通过京东商家后台进行在线缴纳保证金。具体操作步骤包括登录京东商家后台，进入“账户中心”页面，点击“保证金管理”选项，然后点击“缴纳保证金”按钮，选择缴纳金额并选择支付方式，根据提示完成支付。

2. 银行转账：商家也可以选择通过银行转账的方式缴纳保证金。操作步骤与在线缴纳类似，在选择支付方式时选择“银行转账”方式，并根据提示完成转账。转账后，商家需要及时联系京东客服进行确认，确保保证金已经成功到账。

此外，根据店铺类型和规模的不同，保证金的金额也会有所差异。一般来说，自营店铺的保证金会相对较高，而代运营店铺的保证金则相对较低。商家在缴纳保证金时，需要根据自己的店铺类型和实际情况进行选择。

请注意，以上信息可能会根据京东集采平台的更新而有所变化，建议商家在缴纳保证金前，先咨询京东集采平台的客服人员，了解新的缴纳方式和金额要求。

至于退还方式，通常与缴纳方式相同，即如果通过在线支付缴纳，则退还至原支付账户；如果通过银行转账缴纳，则退还至原转账账户。不过，具体的退还流程和时间可能因平台政策而异，建议商家在申请退还前详细了解相关规定。