京东自营和旗舰店各有优势，选择哪种入驻方式主要取决于商家的实际情况和经营策略。

京东自营的优势在于：

1. 京东自营由京东自家负责运营和管理，具有强大的物流、售后等支持，可以享受到京东平台的品牌曝光，更容易获得用户信任和购买。

2. 京东自营对于产品的品质和服务有更高的要求，有助于建立品牌的良好形象。

然而，京东自营的入驻门槛相对较高，需要通过一系列审核和评估，且对于产品的品质和服务有更高的要求，需要满足一定的标准。

京东旗舰店的优势在于：

1. 入驻门槛相对较低，适合一些初创企业或小规模商家。

2. 商家有更多的经营自主权，可以更加自由地制定销售策略，自主运营权较大。

但是，京东旗舰店在品牌曝光和信誉度上相对较弱，需要商家自行负责品牌宣传和售后服务，同时需要承担更多的运营责任，包括物流、售后等方面。

因此，如果商家有实力、注重品牌形象，且产品品质和服务能够达到京东自营的标准，那么选择京东自营可能更好。如果商家是初创企业或小规模商家，或者更注重自主经营权，那么选择京东旗舰店可能更适合。

无论选择哪种入驻方式，商家都需要满足京东平台的基本入驻条件，如具备合法的企业营业执照、品牌要求、产品质量、售后服务、库存能力、合作意愿等。同时，商家也需要了解并遵守京东平台的经营规范和要求，以确保顺利开展业务。